Le SIFR BioPortal, une plateforme ouverte et générique pour l’hébergement d’ontologies et de terminologies biomédicales françaises, basée sur la technologie du National Center for Biomedical Ontology. Le portail facilite l’usage et la diffusion des ontologies du domaine en offrant un ensemble de services (recherche, alignements, métadonnées, versionnement, visualisation, recommandation) y inclus pour l’annotation sémantique. En effet, le SIFR Annotator est un outil pour traiter des données textuelles en français.
BioPortal permet à ses utilisateurs d'exploiter des ontologies mises en ligne : explorer, télécharger, commenter, rechercher des concepts, créer des mappings.
Les utilisateurs peuvent explorer des ontologies sous forme d'arborescence, accéder à leur méta-données et les télécharger.
Examples et documentation de l'API REST : documentation BioPortal.
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Clement Jonquet, Amina Annane, Khedidja Bouarech, Vincent Emonet & Soumia Melzi. SIFR BioPortal : Un portail ouvert et générique d’ontologies et de terminologies biomédicales françaises au service de l’annotation sémantique, In 16th Journées Francophones d'Informatique Médicale, JFIM'16. Genève, Suisse, July 2016. pp. 16.
Noy, N.F., Shah, N.H., Whetzel, P.L., Dai, B., Dorf, M., Griffith, N., Jonquet, C., Rubin, D.L., Storey, M.A., Chute, C.G., Musen, M.A. BioPortal: ontologies and integrated data resources at the click of a mouse. Nucleic Acids Res. 2009 Jul 1;37(Web Server issue):W170-3. PMID: 19483092. doi:10.1093/nar/gkp440